Um das Geschlecht zu bestimmen, wird die Zwergbartagame mit der Oberseite auf die Hand gelegt so dass die Unterseite in Richtung des Betrachters zeigt. Der Schwanz, der nach oben zeigt wird vorsichtig leicht in Richtung Kopf gebogen.
Bei dem Männchen befinden sich zwei Wölbungen der Hemipenistaschen an der Schwanzwurzel mit einer Vertiefung zwiswchen den Wölbungen. Außerdem weist das Männchen im vergleich zum Weibchen eine größere Kloakenöffnung auf.

Bei dem Weibchen sind solche Wölbungen an der Schwanzwurzel nicht vorhanden sondern vielmehr eine trapezförmige Erhebung.Die Kloakenöffnung ist kleiner als beim Männchen.

Nur selten können auch erfahrene Züchter mit Bestimmheit bei Jungtieren das Geschlecht bestimmen. Es ist daher sicherer die Geschlechtsbestimmung bei dem Adulten Tier durchzuführen.